La trayectoria de la Asociación de los Museos de la Iglesia ha recorrido dos etapas bien diferenciadas:

La primera etapa transcurre entre 1988 y 2006 y está presidida por D. Máximo Gómez Rascón. La Comisión de la Asociación fue elegida el 21 de Octubre de 1988, en la Asamblea Nacional que se celebró en Valladolid. Tomó posesión el 8 de Junio de 1989. Una nueva Asamblea celebrada en Madrid el 6 de Diciembre de 1989 consiguió determinar la elección de dos vocales por cada Autonomía. Hasta 1995, hubo reuniones estatutarias de la Asociación Nacional de Museólogos de la Iglesia en España. Con posterioridad las reuniones se asociaron a las Jornadas Nacionales del Patrimonio. La Asociación contaba con un listado de 72 socios, aunque no existía cuota alguna.

Durante estos años, la actividad de la Asociación se centró en torno a la organización de los Museos diocesanos y catedralicios, destacando el papel del patrimonio de la Iglesia al servicio de la evangelización. En este aspecto, fue enriquecedor el intercambio de experiencias de las diversas Diócesis y Autonomías, así como la redacción de unos Estatutos y un Reglamento de los Museos eclesiásticos. Por otra parte, desde sus comienzos, fue un objetivo prioritario para la Asociación la preparación de la Guía Nacional de los Museos de la Iglesia de España, en la que se trabajó con intensidad, llegando incluso a la gestión de su publicación con una entidad bancaria.

Pero la Asociación se vio afectada de una serie de dificultades. Para responder a esta problemática se convocó a los directores de los Museos de la Iglesia en España, promoviendo un debate entre los asistentes que concluyó con la decisión unánime de potenciar la Asociación como el cauce necesario para desarrollar la actividad museológica y asistir a los Directores en su trabajo al frente de los Museos. Tras el nombramiento de un Consejo Provisional entre los asistentes, se decidió que estos realizasen un trabajo previo para convocar una Asamblea General donde se eligiese un nuevo equipo de gobierno.

El 8 de noviembre de 2006 se convocó la Asamblea General de la Asociación en la sede de la Conferencia Episcopal en Madrid. Tras plantearse una propuesta de modificación de los Estatutos para ajustarse a la nueva normativa, se procedió a la elección de la nueva Junta Directiva. Con ella se inicia la segunda fase en la andadura de la Asociación, que se ha centrado, hasta el momento, en la redacción de unos nuevos estatutos, adaptados a las exigencias normativas de la Conferencia Episcopal Española y de las Administraciones Públicas, para obtener, a un tiempo, el reconocimiento canónico y civil de la Asociación.

Así mismo, los primeros pasos de esta nueva etapa de la Asociación han priorizado la elaboración de un mapa de Museos de la Iglesia en España, para saber quienes somos y donde estamos; y que, además, es el punto de partida para la publicación, en un futuro próximo, de la deseada y necesaria “Guía de Museos de la Iglesia en España”. Por último, se han programado las primeras Jornadas de la Asociación, que se celebrarán en Madrid entre los días 16 y 17 de abril de 2008 con el título “Los planes museológicos: criterios para su elaboración”; se ha lanzado esta web, se ha diseñado su imagen corporativa y se preparan nuevas iniciativas y actividades que mantendrán viva la Asociación.